Con la creación de la Universidad de Alcalá en 1499 el cardenal Cisneros implementó un sistema educativo que incorporó el humanismo desde los cimientos. El humanismo era aprender de los clásicos para poder entender la vida y era obligatorio antes de estudiar Teología, Medicina o Derecho. Implicaba una sólida formación codificada en Artes y Filosofía. Pero el mero hecho de estar presente estos estudios y hábitos en las constituciones fundacionales, no fue garante del éxito. Hubo personas y personajes con intereses, luchas, ideales o deseos en tomo y dentro de la Universidad de Alcalá. Por eso, este estudio pretende dar respuesta a qué fue de esta institución cuando falleció su fundador. Mediante el análisis de fuentes inéditas y un estudio riguroso, el texto divulgativo acerca al lector un sistema formado entre el Colegio Mayor, la Universidad, la Colegiata-Magistral y su contexto. La creación del sistema académico de facultades, las cátedras y la calidad en la enseñanza medida con testimonios, las relaciones de poder entre los rectores y el abad de la Magistral, las tensiones de los bandos colegiales, qué estudiaban, cómo y dónde lo hacían, la intervención del Emperador Carlos V, la emperatriz y el Consejo Real o las fricciones con los arzobispos Fonseca y Tavera forman parte de las conclusiones de este estudio que abarca un periodo clave y fundamental para entender la construcción histórica de la Universidad de Alcalá.